Круглый стол по исследованию микробиома

Используемая в исследованиях микробиома человека методика высокопроизводительного секвенирования сложна и многоэтапна. Применение разнообразных экспериментальных процедур и методов биоинформатической и статистической обработки неизбежно связано с проблемами и искажениями, которые зависят от массы воздействующих факторов: в том числе, от контаминации образцов, достоверности классификации и идентификации микроорганизмов, погрешностей, вносимые амплификацией и методами биоинформатической обработки результатов, а также от природы образца, размера выборки и глубины секвенирования, метода экстракции ДНК и пр. Существенное значение имеют особенности отбора и транспортировки образцов и методология формирования выборки. Дискуссия будет посвящена обсуждению широкого спектра проблем, возникающих на разных этапах этих исследований, что явится хорошим заделом для формирования основ будущей стандартизации методов высокопроизводительного секвенирования, разработки стандартизованных подходов, процедур и протоколов для исследования микробиома человека, включая статистические подходы к анализу данных.

 

Участники

• А.О. Плотников, к.м.н., доцент, зав. ЦКП, Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, ЦКП "Персистенция микроорганизмов", Оренбург
• С.В. Черкасов, член-корр. РАН, д.м.н., Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, Оренбург
• Ю.В. Гоголев, д.б.н., Казанский институт биохимии и биофизики КазНЦ РАН
• Н.Е. Гоголева, к.б.н., Казанский институт биохимии и биофизики КазНЦ РАН

​

10 мин  А.О. Плотников   Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, Оренбург, Россия

Оценка микробиомов методом высокопроизводительного секвенирования гена 16S рРНК: возможности и ограничения метода

10 мин  Н.Е. Гоголева^1,2, И.А. Новиков3, А.С. Балкин⁴, Ю.А. Хлопко⁴, И.В. Чеботарь⁵, Е.И. Шагимарданова^{2   1}Казанский институт биохимии и биофизики, обособленное структурное подразделение ФИЦ КазНЦ РАН, Казань; ²Институт фундаментальной медицины и биологии, Казанский (Приволжский) федеральный университет, Казань; ³НИИглазных болезней, Москва, Россия; ⁴Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза, УрО РАН, Оренбург; 5НИИ неотложной детской хирургии и травматологии, Москва, Россия

Ретроспективная верификация результатов метагеномных исследований: необходимость и возможные решения 

10 мин  С.В. Черкасов Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, Оренбург, Россия

Метагеномные исследования микробиоты человека:клинико-микробиологические аспекты